Mamíferos
Más de 2.650 mamíferos, enteros o en parte, en forma de esqueleto, naturalizados o en alcohol.
Tres tipos de murciélagos africanos descritos por Albert Monard, que también describió o ayudó a describir muchas especies nuevas. Gracias a la excepcional contribución de este antiguo conservador, el Museo de Historia Natural es muy rico en fauna africana.
Colección de referencia de cráneos (roedores, murciélagos, mustélidos, félidos, etc.).
Pájaros
Más de 4.900 aves, en forma de pieles, esqueletos, fragmentos o ejemplares naturalizados. Colección de referencia de pieles y cráneos.
Reptiles
Más de 1100 reptiles, incluidos 6 tipos descritos por Albert Monard.
Anfibios
Más de 900 anfibios, incluidos 6 tipos descritos por Albert Monard.
Pescado
Más de 210 peces, entre ellos una gran proporción procedentes de Angola.
Insectos y otros invertebrados
Varias decenas de miles de invertebrados, entre ellos unos 66.000 insectos. Escorpiones, escarabajos exóticos, numerosas mariposas.
Colecciones de mariposas Joss, Anton Hirsiger, St.Urban LU; Fernand Vuilleumier, Tramelan, etc.
Geología y mineralogía
Colección Riccardo Crosilla: varios centenares de micromounts y otros minerales.
Paleontología
Flora y fauna (Graptolitos, Trilobites y Braquiópodos) del Paleozoico (Cámbrico – Silúrico – Devónico – Carbonífero – Pérmico)
Fauna Liásica (Cefalópodos, Bivalvos y Braquiópodos) de diferentes regiones de Europa (Alemania y Francia)
También hay importantes colecciones de arte naturalista (Paul Barruel, Robert Hainard, Walter Linsenmaier, Charles-Edouard Gogler, Georges Roessinger, Louis y Marie Favre, y muchos otros).
