Säugetiere
Über 2650 Säugetiere sind ganz oder teilweise, als Skelett, naturgetreu präpariert oder in Alkohol eingelegt aufbewahrt.
Dazu gehören drei Arten afrikanischer Fledermäuse, die von Dr. Albert Monard beschrieben wurden, der auch zahlreiche neue Arten beschrieben oder zu deren Beschreibung er beigetragen hat. Dank des aussergewöhnlichen Beitrags dieses ehemaligen Kurators ist die afrikanische Fauna im Naturhistorischen Museum besonders gut vertreten.
Referenzsammlung von Schädeln (Nagetiere, Fledermäuse, Marder, Katzen usw.).
Vögel
4900 Vögel sind als Balg, Skelett, Fragment oder naturgetreu präpariert aufbewahrt. Referenzsammlung von Bälgen und Schädeln.
Reptilien
Über 1100 Reptilien, darunter 6 Arten, die von Dr. Albert Monard beschrieben wurden.
Amphibien
Über 900 Amphibien, darunter 6 Arten, die von Dr. Albert Monard beschrieben wurden.
Fische
Über 210 Fische, darunter zahlreiche Fische aus Angola.
Insekten und andere Wirbellose Tiere
Mehrere Zehntausend wirbellose Tiere, darunter etwa 66 000 Insekten. Skorpione, exotische Käfer, zahlreiche Schmetterlinge.
Schmetterlingssammlungen Joss, Anton Hirsiger, St. Urban LU; Fernand Vuilleumier, Tramelan usw.
Geologie und Mineralogie
Bestand Riccardo Crosilla: Sammlung mit mehreren Hundert Mikromounts und anderen Mineralien.
Paläontologie
Flora und Fauna (Graptolithen, Trilobiten und Brachiopoden) aus dem Paläozoikum (Kambrium ‒ Silur ‒ Devon ‒ Karbon ‒ Perm)
Liasische Fauna (Cephalopoden, Muscheln und Brachiopoden) aus verschiedenen Regionen Europas (Deutschland und Frankreich).
Hinzu kommen bedeutende Bestände naturalistischer Kunst (Paul Barruel, Robert Hainard, Walter Linsenmaier, Charles-Edouard Gogler, Georges Roessinger, Louis und Marie Favre und viele mehr).
