Säugetiere
Über 2650 Säugetiere, ganz oder teilweise, als Skelett, naturalisiert oder in Alkohol.
Drei Arten afrikanischer Fledermäuse, beschrieben von Albert Monard, der auch viele neue Arten beschrieben oder zur Beschreibung beigetragen hat. Dank des außergewöhnlichen Beitrags dieses ehemaligen Konservators ist das Naturhistorische Museum sehr reich an afrikanischer Fauna.
Referenzsammlung von Schädeln (Nagetiere, Fledermäuse, Mustelidae, Felidae usw.).
Vögel
Über 4900 Vögel, als Häute, Skelette, Fragmente oder naturalisiert. Referenzsammlung von Häuten und Schädeln.
Reptilien
Über 1100 Reptilien, darunter 6 Typen, die von Albert Monard beschrieben wurden.
Amphibien
Über 900 Amphibien, darunter 6 Typen, die von Albert Monard beschrieben wurden.
Fische
Über 210 Fische, darunter ein großer Anteil an Fischen aus Angola.
Insekten, und andere wirbellose Tiere
Mehrere zehntausend wirbellose Tiere, darunter etwa 66.000 Insekten. Skorpione, exotische Käfer, zahlreiche Schmetterlinge.
Schmetterlingssammlungen Joss, Anton Hirsiger, St.Urban LU; Fernand Vuilleumier, Tramelan, etc.
Geologie und Mineralogie
Riccardo Crosilla Fundus: Sammlung von mehreren hundert Mikromounts und anderen Mineralien.
Paläontologie
Flora und Fauna (Graptoliten, Trilobiten und Brachiopoden) aus dem Paläozoikum (Kambrium – Silur – Devon – Karbon – Perm)
Liasische Fauna (Cephalopoden, Muscheln und Brachiopoden) aus verschiedenen Teilen Europas (Deutschland und Frankreich)
Hinzu kommen bedeutende Bestände an naturalistischer Kunst (Paul Barruel, Robert Hainard, Walter Linsenmaier, Charles-Edouard Gogler, Georges Roessinger, Louis und Marie Favre und viele andere).
